Manokwari – Yayasan Caritas Papua, yang sebelumnya bernama Yayasan Caritas, pada tahun 2002, tepatnya tanggal 18 Agustus 2002, mengajukan rekomendasi ke Bupati Manokwari guna pendirian dua kampus yakni STIE Mah Eisa di Manokwari dan STIH Bintuni di Manokwari, dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 142/D/O/2001 tentang pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Bintuni dan pembukaan program studi Ilmu Hukum dengan kekhususan Hukum Agraria-Adat; dan Nomor 143/D/O/2001 tetang Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Mah Eisa dengan kekhususan keuangan daerah (S1) dan Akuntansi diploma Tiga.
Dalam Perkembangannya STIH Bintuni berubah nama menjadi STIH Caritas Papua pada bulan Desember 2020 dengan Keputusan Menteri Nomor 1197/M/2020.
Sesuai dengan Rencana Induk Pengembangan, kedua kampus dibawah pengelolaan Yayasan Caritas Papua bermetamorfosis menjadi universitas.
Rencana universitas dimulai sejak tahun 2018, dengan mempersiapkan hal-hal yang berkaitan dengan aspek umum meliputi: studi kelayakan, statuta, Rensra, kurikulum, Sumber daya manusia (dosen dan tendik),sistem penjaminan mutu, ketersediaan buku perpustakaan, laboratorium, ruang kelas, kantor dll, status akreditasi. Aspek keuangan meliputi laporan keuangan empat tahun terakhir, dan telah diaudit oleh akuntan publik, Arus kas prodi selama lima tahun, jaminan dana pengelolaan prodi lima tahun ke depan, dll. Sedangkan aspek hukum meliputi keabsahan yayasan, persetujuan penggabungan dua kampus, sertifikat tanah, sewa lahan/gedung, dan dasar hukum pendirian STIHCP dan STIEME.
Perkembangan usulan universitas mengalami pasang surut, akibat belum memadainya dosen tetap prodi yang diusulkan, sehingga lebih dari tiga kali, dilakukan perubahan prodi yang diusulkan.
Dan pada tahun 2022, barulah Yayasan Caritas Papua, mantap mengajukan penggabungan STIHCP dan STIEME, sekaligus mengikuti program akselerasi penggabungan dan penyatuan Perguruan Tinggi Swasta dan mendapat hibah dari Kementrian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi.
Untuk penggabungan STIHCP dan STIE Mah Eisa menjadi Universitas, belumlah memenuhi persyaratan suatu universitas, karena pembentukan suatu universitas harus memenuhi minimal lima program studi, yang terdiri atas dua ilmu-ilmu sosial dan humaniora, sedangkan tiganya harus program studi ilmu sain dan eksakta. STIHCP dan STIEME telah memiliki prodi ilmu hukum, manajemen, serta akuntasi diploma tiga.
Untuk itu dengan persetujuan Yayasan Caritas Papua, dibentuk Tim Independen yang merancang dan mempersiapkan tiga program dari ilmu-ilmu eksakta, dengan beberapa perubahan akhirnya Tim Independen berhasil mengajukan hasil kerjanya kepada Yayasan Caritas yakni: Program studi Sains Kelautan; Ilmu Lingkungan dan Rekayasa Kehutanan.
Ketiga program studi ini, diusulkan lewat aplikasi SAPTO sejak tahun 2022 dan mengalami beberapa perubahan dan perbaikan, oleh assesor program studi, kemudian itu dilakukan diakreditasi, dan sebelum diterbitkan surat keputusan persetujuan dari Menteri, dilakukan visitasi atas tiga aspek yakni: aspek umum, hukum dan keuangan.
Dan akhirnya pada tanggal 16 April 2024 terbitlah Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaa, Riset dan Teknologi Nomor: 299/E/0/2024 tentang Izin Penggabungan STIE ME dan STIHCP menjadi Universitas Caritas Indonesia.
Universitas yang awalnya dinamakan Universitas Lodewijk Mandatjan itu, akhirnya diubah atas rekomendasi Tim Asesor dari Jakarta, karena nama tersebut telah dipakai pada Rumah Sakit Bayangkara Polda Pabar dan Bandara Rendani Manokwari.
Universitas Caritas Indonesia, yang pada tahun 2024/2025 akan menerima mahasiswa baru terdiri atas tiga Fakultas dan lima Prodi sbb:
1. Fakultas Hukum, memiliki satu program studi yakni ilmu hukum dengan kekhususan : Hukum Perdata Bisnis; Hukum Agraria-Adat, Hukum Kenegaraan (hukum Tata Negara dan Hukum Administrasi Negara); Hukum Pidana. Memiliki Dosen sbb: 2 guru besar, tiga doktor, tujuh kandidat doktor, delapan magister.
2. Fakultas Ekonomi dan Bisnis memiliki program studi manajemen (S1) dan Akuntansi (D3), diasuk oleh tiga doktor, sembilan kandidat doktor, dan tujuah magister.
3. Fakultas Sains dan Teknologi, memiliki tiga program studi yakni: Prodi Sains Kelautan; Prodi Ilmu Lingkungan; Prodi Rekayasa Kehutanan. Dosen tetap yang dimiliki Fakultas ini adalah dua doktor, lima belas magister.
Saat ini UNCRI bekerja sama dengan Universitas Utrecht di Negeri Belanda untuk Penelitian Hukum Adat, Universitas Yongsang di Korea Selatan; di samping kerjasama dengan lebih dari sepuluh perguruan tinggi di Indonesia. Sementara dijajaki kerja sama double degree dengan universitas di Australia, sehingga pada semester lima, mahasiswa UNCRI yang memenuhi syarat akan lanjut ke kampus luar negeri.
Ketua Badan Pembina Yayasan: Elsiana Ribka Kalembang, S.H.
Ketua Badan Pengurus Yayasan: Drs Yonas Hindom
Struktur kampus akan ditetapkan dalm waktu tidak terlalu lama, setelah pelantikan rektor UNCRI.
Manokwari, 1 Mei 2024
Rektor
Prof. Dr. Roberth KR Hammar, S.H.,M.Hum.,M.M.,CLA.